De menstruatie loopt bij de meeste vrouwen niet van een leien dakje: veel vrouwen kennen matige tot zeer ernstige menstruatieklachten. De meest voorkomende menstruatieklachten zijn het premenstrueel syndroom, een pijnlijke menstruatie, een onregelmatige menstruatie en een hevige menstruatie.
Vrouwen men het premenstrueel syndroom hebben met name voor de menstruatie zich aandient klachten, die weer verdwijnen bij het doorzetten van de menstruatie. Het premenstrueel syndroom kenmerkt zich door een voorspelbaar patroon van emotionele en lichamelijke veranderingen die vlak voor de menstruatie optreden.
Een pijnlijke menstruatie komt bij vrijwel alle vrouwen voor gedurende de eerste dagen. Een zeer hevige pijn die de gehele menstruatie aanhoudt wordt ook wel dysmenorroe genoemd, en komt minder vaak voor.
Een onregelmatige menstruatie is niet ongewoon in het begin van de puberteit. Bij sommige vrouwen die al langer menstrueren is het aantal menstruaties echter meer of minder dan het normale aantal van elf tot dertien menstruaties per jaar. Vrouwen die wel regelmatig menstrueren, maar minder dan normaal, hebben de afwijking die oligomenorroe genoemd wordt. Dit kan veroorzaakt worden door het aantreden van de menopauze, afwijkende voedselpatronen (dieet), stress of het kan gewoon bij de vrouw horen zonder verdere medische oorzaak.
Bij sommige vrouwen duurt de menstruatie langer dan zeven dagen, en gaat deze gepaard met zware bloedingen tijdens de menstruatie. Veel bloedverlies wordt hypermenorroe genoemd. Hevige menstruatie komt vaak voor, met name bij jonge vrouwen. Bij vrij veel vrouwen wordt de menstruatie lichter zodra zijn een anticonceptiepil gaan slikken.