Bij sommige mensen reageert een deel van het lichaam overactief of extreem op de inname van een bepaalde voedingsstof. Men kan klachten krijgen als diarree, verstopping, maagklachten of uitslag. Dit wordt voedselintolerantie genoemd of voedselallergie.
Er is sprake van een voedselallergie wanneer het lichaam abnormale antilichamen produceert als reactie op bepaalde stoffen die zich in voedingsmiddelen bevinden. Voedselintolerantie heeft echter niets met het immuunsysteem te maken. Wanneer je intolerant bent voor bepaalde voedingsstoffen zijn er echter geen antilichamen tegen de stof. Bepaalde delen uit een voedingsstof worden niet opgenomen of afgebroken. Voedselintolerantie en voedselallergie kennen dikwijls dezelfde klachten, hoewel de klachten van voedselintolerantie meestal minder hevig zijn.
Vrij veel voorkomende voedselintoleranties zijn lactose-intolerantie (melksuiker), glutenintolerantie (in zeer ernstige vorm wordt die coeliakie genoemd) en intolerantie voor toegevoegde middelen, zoals kleurstoffen.
Voor beide aandoeningen geldt dat men de boosdoeners het beste kan vermijden. Er zijn enkele voedingsmiddelen die regelmatig tot problemen leiden. Dit zijn zuivelproducten, citrusvruchten, eieren, tarwe, noten, kaas, chocola, vis en aardbeien. Op de verpakkingen van diverse voedingsmiddelen staat tegenwoordig allergie-informatie vermeld: men noemt die voedingsstoffen die in het product zitten of waar mogelijk resten van kunnen zijn.
Een voedselintolerantie kan opgespoord worden door middel van een dieet waarin bepaalde stoffen beurtelings ontbreken. De verdachte voedingsstoffen worden één voor één uit de maaltijden weggelaten en vervolgens weer één voor één geherintroduceerd. Door nauwkeurig bij te houden hoe het met de voedselintolerantie gaat kan men de boosdoener(s) opsporen en in het vervolg mijden.